和内阁辅臣、左都御史葛守礼商量之后，朱载坖决定从都察院派出御史五十人，分赴各布政司督促巡检司对人口进行登记，同时天下卫所的户籍也要予以整顿了。

朱载坖命令五军都督府、卫尉寺负责卫所军籍的整理登记，命令五军都督府领导各都指挥使司，对天下卫所的户籍予以整理登记，不仅要登记在籍军士的户籍，所有见在人员都要全部登记，从小旗一首汇总到五军都督府，有玩忽懈怠的，令锦衣亲军和卫尉寺究问，同时各卫镇抚等负责军纪的军官专门监察，不允许隐瞒人丁，不仅是正军，军余子弟、见在人口都要统计。

朱载坖想知道，大明的二十一各都司、行都司，西百九十三个卫所，守御屯田群牧千户所三百五十九个，还有京营、亲军诸卫到底有多少军士，多少军余舍人，朱载坖要做到心中有数，同时就是逐渐给五军都督府恢复权力。