于军队和军务的控制，这也并不是什么稀奇的事情，但是这样一来，内阁就丧失了对于军务的管理权，同时兵部的作用也降低了。

这是会遭到反噬的，高拱等人都劝朱载坖慎重，因为涉及到官署的设置，而且是侵夺其他衙门的权力，恐怕没有那么顺利的，尤其是兵部经过百余年，好不容易才把五军都督府架空，独揽军政，现在要兵部把到嘴的肉给吐出来，绝非易事。

辅臣们都劝朱载坖慎重，但是朱载坖决心己定，他早就对大明的这套指挥体系不满意了，这次借着对土蛮用兵，朱载坖要将军政大权上收。

当然，朱载坖也不傻，朱载坖的第一步是将原本给戚继光的练兵总理大臣撤销，下令设立练兵军务处，新设立的练兵军务处权限可比之前的练兵总理大臣要大多了，不仅包括蓟镇新军的编练，京营、亲军诸卫、水师、国子武学等隆庆以来设立的新军，都归其管理。