以为然，之前朱载坖要求设立水师衙门，但是当时条件还不成熟，反对的人很多，但是现在罗万化从西洋带回来的消息还是对大明重臣们有所震动，西夷在从大明到西夷的海路上占领据点，扩张势力，绝非善类，罗万化也认为西夷不知礼仪，只知道用武，大明必须早做准备。

所以朱载坖这次提出来设立海军衙门的事情，并没有很大的反对声浪，随后朱载坖下诏，成立总理海军事务衙门，在练兵军务处下，首接接受练兵军务处的管理，以顺宁侯俞大猷为总理海军事务大臣兼参赞军务大臣，负责大明海军事务，同时将北洋、东海、南洋三支远洋舰队和各镇水师的指挥权移交总理海军事务衙门，与陆路提督和镇守总兵相区别。

除了舰队之外，各处的岸防炮台等也都划归海军指挥，在总理海军事务衙门下设海图、参谋、舰船、学校、监察诸司，加强朝廷对于舰队的统一指挥，同时细化大明的海疆防御，将远洋水师、地方镇守水师、缉私水师的职责予以厘清。