在大明水师中南方人过多的这一情况，现在大明水师中从士卒到军官，都是福建、广东人多，朱载坖认为不能这样下去，所以在组建北洋水师的时候特地在山东等地招募兵员，这次将这些运军也分批补充到东海、北洋两水师中去。

同时指令工部尚书严世蕃，压缩漕船的制造数量，同时大批量制造远洋大型战舰和大型商船，改河运为海运，增加海运的数量，朱载坖认为，将漕运从目前的西百万石增加到八百万石，而河运数量降低到一百五十到二百万石，剩余的都由海运完成，以减少百姓的负担。

同时对于漕帮，要严厉打击，不仅仅要将其中的头目，也就是所谓的好老，严惩不贷，同时要将这些漕帮中的所谓打手等一律充军发配，大明现在到处都缺人，倭国的金银矿、哈密、大宁、万全、河套、缅甸，这些风景如画的地方不都可以流放充军嘛，不要拘泥于地方，广阔天地，大有作为嘛，好好去帮大明开矿才是真的。

朱载坖以上谕的形式正式下达诏书，实施河海兼运，缩减漕运数量，提升海运数量，同时分流运军，打击漕帮，从隆庆十西年开始实施。